กองประกันคุณภาพการศึกษาสถิติและวิจัย มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการประกันคุณภาพการศึกษา การวัดผลการศึกษา และทะเบียนประวัติของนักเรียนนายเรือ วิจัยและพัฒนาการฝึกและศึกษา รวมทั้งการสถิติที่เกี่ยวข้อง

แผนกประกันคุณภาพการศึกษา มีหน้าที่ประสานและดำเนินการเกี่ยวกับ การควบคุมการตรวจสอบ และการประเมินคุณภาพการศึกษา ตลอดจนประชาสัมพันธ์เผยแพร่ข้อมูล และดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาของโรงเรียนนายเรือ

แผนกสถิติและประวัติ มีหน้าที่ประสานและดำเนินการรวบรวมข้อมูล วิเคราะห์ข้อมูล จัดทำ เก็บรักษา และแจกจ่ายรายงานสถิติต่าง ๆ ตลอดจนการจัดทำเก็บรักษาประวัติต่าง ๆ รวมทั้งการศึกษาและการขึ้นทะเบียนประจำการของนักเรียนนายเรือ

แผนกศึกษาและวิจัย มีหน้าที่ดำเนินการศึกษาและวิจัยผลของงาน ตลอดจนหลักสูตร การจัดการและดำเนินงานและการศึกษา ตลอดจนอุปกรณ์ต่าง ๆ เพื่อหาทางปฏิบัติที่ส่งเสริมให้งาน และการศึกษามีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น

แผนกวัดผลการศึกษา มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการวัดผล และประเมินผลงานและการศึกษา ตลอดจนวิเคราะห์ผลงานและการศึกษาและเสนอแนะหนทางปฏิบัติที่ส่งเสริมให้ผลงานและการศึกษามีคุณภาพ และประสิทธิภาพยิ่งขึ้น